محمد مهدی نایبی پس از اتمام دبیرستان در قزوین، با کسب رتبه اول کنکور در منطقه ۲ در سال ۱۳۶۳، وارد دانشگاه شریف گردید. وی در سال ۱۳۶۷ لیسانس الکترونیک و در سال ۱۳۶۹ فوق لیسانس الکترونیک را به پایان رساند و در سال ۱۳۷۲، به عنوان اولین دکترای مخابرات دانش آموخته ایران، از دانشگاه تربیت مدرس فارغ التحصیل شد.

وی در سال ۱۳۷۳ استادیار دانشکده برق دانشگاه صنعتی شریف شد و در سال ۱۳۷۷ به درجه دانشیاری ودر سال ۱۳۸۲ به درجه استادی ارتقاء یافت و هم اکنون نیز به آموزش و پژوهش در این دانشکده اشتغال دارد.

از سال ۱۳۷۶ وی فعالیت‌های کارآفرینی خود را آغاز نمود و تاسیس ، مدیریت و توسعه چندین شرکت دانش‌بنیان را به انجام رساند. وی کارآفرین نمونه کشوری در سال ۱۳۸۵، مهندس برجسته کشور (به انتخاب فرهنگستان علوم) در سال ۱۳۹۲ و مدیر منتخب اقتصاد مقاومتی (به انتخاب معاونت برنامه‌ریزی و نظارت راهبردی ریاست جمهوری) در سال ۱۳۹۴ بوده است.

وی از سال ۱۳۸۷ با این ادراک که کلید اصلی توسعه نیافتگی کشور، علوم مهندسی نیست و با اذعان به اهمیت فوق‌­العاده علوم انسانی و اجتماعی، به کمک به دانشجویان مستعد برای تحصیل در این رشته با همکاری یکی از دانشجویان سابق خود (آقای دکتر محمد مروتی که در آن زمان در آمریکا مشغول تحصیل در رشته اقتصاد بود) همت گماشت. بعدها این فعالیت در چارچوب موسسه حامی سامان یافت. وی هم اکنون عضو مجمع این موسسه می‌باشد.